什麼是硝化菌？
硝化菌是很多菌類的統稱，它的功用是什麼？當魚類排泄、死掉的水草、腐敗的餌料經過細菌分解成為的氨（NH3）或以銨（NH4+）的形式存在，上述產物對魚會有十分不良的影響，可以想像人類的氨中毒的樣子，或者是人類長時間掉進會刺激皮膚的水裡，硝化菌的功能就是把氨先轉化為亞硝酸（NO2），然後再進一步把亞硝酸轉化為硝酸鹽（NO3），硝酸鹽對魚隻的傷害遠比氨和亞硝酸要多得多，這就是我們一直強調要培養硝化菌的原因，目的就是防止魚被自己的排泄等給毒死。
硝化菌生在哪裡？
有些剛入門的版友會認為把魚缸架設好，裡面裝水，跑了一兩週，就會有硝化菌了？上面的觀念有些問題。
硝化菌必須生存在有食物（氨、亞硝酸）、有空氣的環境。他會特別喜歡在底砂和過濾器的濾材上面。所以，若只是空缸加水，則因為沒有食物，沒有居住的地方，硝化菌根本沒有辦法培養起來。
硝化菌要多久才可以養好？
先拋開額外加硝化菌液不談。因為市售的硝化菌液品質優劣不齊，而且硝化菌有其保存時間，但是商人並不會告訴你那一瓶裡頭究竟菌還有沒有活著。由於變數太多，就乾脆當他們是常數，不要理會硝化菌液。一般從缸子架好，過濾器打開，丟些爛水草、餌料進去後，大約過兩個禮拜才會開始有硝化菌，約過一個月才會穩定。硝化菌的分裂非常慢，一天只分裂一倍而已。
為什麼要換水？
既然硝化菌都已經可以幫我們解決那些有毒的排泄物了，我們幹嘛還要換水呢？原因是因為，硝化菌的最終產物NO3在濃度過高的情況下，仍然會對魚隻有傷害（甚至會逆反應，又變成有毒的亞硝酸），所以只能靠換水來把NO3帶出魚缸，換水要換多少？一般的建議是一個禮拜換1/3到1/2。
如果我沒有培菌就放魚了，那要怎麼辦？硝化菌主要是把氨等分解成硝酸鹽，然後再透過換水的方式把硝酸鹽帶出魚缸。如果你忘了培菌，一樣可以用換水的方式，把氨帶出魚缸！只是這種換水的頻率就要比較頻繁，一天換水1/2，是比較常被人建議用作處理這種緊急情形的，把這個緊急措施持續兩週，那個時候硝化菌就會開始產生，既然有硝化菌了，是不是就可以養很多魚？密度多少為宜？
硝化菌能夠處理的有毒物質是有限的，所以除非我們的過濾系統很強，不然一般的建議是把我們魚缸的水量以公升為單位，一公升養一條一～二公分的小型魚。如果我們想要多養，那麼就必須要透過頻繁地換水來減輕有毒物質的量。
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